課堂 | 人工智能顯微成像能夠高效檢測稀有事件

通過基于人工智能的顯微成像檢測稀有事件，這種工作流程將智能樣本導(dǎo)航、圖像采集工具和人工智能驅(qū)動的圖像分析等不同功能融合起來共同協(xié)作，能夠克服上述局限性。

STELLARIS上Aivia驅(qū)動的自主顯微鏡為日常實驗室工作提供了非常高效的運行方式，包括執(zhí)行那些沒有自動程序或大量人工操作就無法完成的高級實驗。

在生命科學(xué)領(lǐng)域使用成像技術(shù)的根本原因是能夠生成數(shù)據(jù)來回答生物學(xué)問題。通常會將圖像采集與高級圖像分析結(jié)合起來實現(xiàn)這個目標(biāo)。

常規(guī)成像方法需要操作人員不斷進(jìn)行人機(jī)交互，使用顯微鏡系統(tǒng)在樣本上搜索合適的對象或感興趣區(qū)域（ROI），進(jìn)行適當(dāng)?shù)淖罴褕D像采集設(shè)置，然后決定掃描這些ROI。這種人工決策的實驗工作流程的性質(zhì)決定了只有容易控制的少數(shù)ROI能被精確定位，而且采集ROI圖像需要大量時間。使用由Aivia驅(qū)動的自主顯微鏡，則能夠在實驗一開始完成設(shè)置后就wanquan自動進(jìn)行稀有事件檢測工作流程。

實驗開始后，就會立即進(jìn)行低分辨率預(yù)掃描、檢測稀有事件以及采集和存儲高分辨率3D圖像，無需任何人工干預(yù)。這種方法的顯著優(yōu)勢在于整個過程高速進(jìn)行，并能在實驗過程中檢測到大量稀有事件。

自主顯微鏡可自動檢測這類ROI或稀有事件（RE），無需人工干預(yù)，因此能使復(fù)雜的顯微鏡工作流程wanquan自動化。

在這個自主工作流程中，第一步先生成低分辨率二維（2D）概覽圖像，并立即將其傳輸?shù)剿B接的基于人工智能的圖像處理（Aivia）系統(tǒng)。該系統(tǒng)通過像素分類器檢測由操作人員預(yù)先定義好的稀有事件，并將稀有事件坐標(biāo)發(fā)回成像系統(tǒng)，系統(tǒng)再根據(jù)操作人員zhiding的要求（例如高分辨率和三維（3D）數(shù)據(jù)堆棧）掃描這些稀有事件。通過這種方式生成的數(shù)據(jù)：

對稀有事件進(jìn)行高度特異性掃描可大幅提高所采集數(shù)據(jù)的整體質(zhì)量，因為獲得的都是真正感興趣的數(shù)據(jù)。這種方法可確保有針對性地掃描，至多獲得到90%的稀有事件。同時，不再因?qū)ο∮惺录M(jìn)行耗時且高成本的人工搜索而造成很長的“閑置時間"，因此顯微鏡系統(tǒng)可實現(xiàn)高效運行。

除了對稀有事件進(jìn)行高度特異性掃描外，自主顯微成像還能采集與稀有事件目標(biāo)wanquan無關(guān)的數(shù)據(jù)?？赏ㄟ^以目標(biāo)為導(dǎo)向的方式掃描感興趣的對象，這一方面可以在很大程度上防止生成無效數(shù)據(jù)，另一方面能以高度定性的方式提供所采集的數(shù)據(jù)，便于后續(xù)圖像分析。所采集的對象始終位于掃描區(qū)域的視野（FOV）中心，因此可以實現(xiàn)上述優(yōu)點。

可重復(fù)性是進(jìn)行可信的生命科學(xué)研究的關(guān)鍵要素之一。自主執(zhí)行的實驗順序可隨時得到恢復(fù)，裝配適當(dāng)?shù)能浖姹?，并?/span>wanquan相同的設(shè)置重新運行。這個過程能確保可重復(fù)性，而手動設(shè)置實驗中的成像程序無法做到這一點。此外還可建立高度復(fù)雜的顯微成像工作流程并使其自動化，使高級應(yīng)用更易于使用，而這類應(yīng)用以前根本無法做到，或者必須依靠大量人工操作。

LAS X Navigator是一款強(qiáng)大的導(dǎo)航和圖像采集工具，用戶可以從逐個圖像搜索方式切換到快速查看完整的樣本概覽，并能立即識別重要的樣本細(xì)節(jié)。它能夠使用玻片、培養(yǎng)皿和多孔板的模板自動設(shè)置高分辨率圖像采集。它就像一個用于樣本細(xì)胞的GPS定位系統(tǒng)，用戶始終都可通過一條清晰的路徑來獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)、在樣本中導(dǎo)航、創(chuàng)建快速概覽、立即識別細(xì)節(jié)，還可以使用玻片、培養(yǎng)皿和多孔板的模板進(jìn)行高分辨率圖像采集。

Navigator Expert基于Navigator，融合了提供稀有事件處理工作流程的Aivia人工智能圖像處理功能。此外，使用Navigator Expert還可以定義多個掃描任務(wù)，將其分配給需要掃描的任意幾何形狀/掃描區(qū)域，用于復(fù)雜的成像程序和實驗設(shè)置。

Navigator Expert包含兩個模塊：“Jobs"（任務(wù)）和“Experiment"（實驗）。在“Jobs"模塊中，可通過普通的STELLARIS LAS X用戶界面設(shè)置任何掃描任務(wù)。例如，該模塊包括定義自動對焦（AF）任務(wù)、低分辨率2D快速概覽掃描任務(wù)以及實際稀有事件任務(wù)，后者可以進(jìn)行高分辨率3D掃描。

稀有事件檢測工作流程的創(chuàng)建十分簡單。定義了需完成的任務(wù)后，“Experiment"模塊就會直觀地引導(dǎo)用戶完成各個工作流程步驟：

要創(chuàng)建Aivia稀有事件處理程序，只需使用事先通過概覽掃描任務(wù)采集的一些圖像對Aivia像素分類器進(jìn)行訓(xùn)練。使用簡單的繪圖工具，對需要的稀有事件進(jìn)行標(biāo)注，并確定圖像的背景。這樣，像素分類器就可以從概覽掃描圖像中獨立檢測到稀有事件。

啟動稀有事件檢測工作流程后，概覽掃描圖像會立即傳輸?shù)紸ivia，后者將檢測到的稀有事件的像素坐標(biāo)送回到Navigator Expert，以便進(jìn)行稀有事件掃描。

除了上述特點之外，基于人工智能的自動顯微鏡還可大幅改進(jìn)和優(yōu)化實驗。

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